Quando você exclui uma mensagem ela permanece ocupando espaço na pasta. Por questões de desempenho o Thunderbird apenas marca a mensagem como excluída e não exibe mais, além de copiá-la para a lixeira.
O comando Arquivo > Condensar pastas faz o Thunderbird realmente remover todas as mensagens excluídas que estão apenas ocupando espaço.
Se você nunca condensou as pastas elas se tornarão cada vez maiores. Isso pode afetar o desempenho do Thunderbird. Se o suporte offline estiver instalado você pode programar para que as pastas sejam condensadas automaticamente ao atingirem um limite.
Mais informações no MozillaZine.
