Se o Thunderbird está ordenando as mensagens pela data e você receber uma mensagem com data de ontem, ela pode se misturar com mensagens já lidas.
Para evitar isso é só ordenar pela ordem de chegada. Assim você garante que as novas mensagens sempre aparecerão primeiro, seja qual for a data de envio. Use o menu Exibir > Ordenar por > Ordem de chegada.
